1. أنشئت الأمانة العامة فى أواخر 1993م كجهاز متفرغ لإدارة نشاط وشئون الاتحاد
2.تتكون الأمانة العامة من أمين عام الاتحاد ومساعد الأمين العام وعدد من العاملين المساعدين له.
3.تشرف الأمانة العامة على الأجهزة القانونية المختصة باسترداد ديون المصارف بالتنسيق مع بنك السودان المركزي مع استمرار المصارف في تحمل مسئولية مصروفات التسيير .
تسليط الضوء على النشاط المصرفي وإبراز دوره في التنمية وفي تمويل القطاعات الاقتصادية المختلفة من زراعة وصناعة ونقل وتجارة وكذلك تمويل صغار الحرفيين والأسر المنتجة . تسليط الضوء على التجارب المصرفية الرائدة في المجالات المختلفة خاصة التمويل الصغير والاصغر .
تأهيل القوي البشرية بما يمكنها من استخدام وسائل التقنية المتطورة وتوظيفها لتطوير وترقية الأداء على أن يبدأ التدريب بالقيادات العليا ويشمل جميع العاملين. و اندماج وتوسيع نطاق التدريب ليشمل المتعاملين مع المصارف وتيسير تمليكهم وسائل التقنية بهدف خلق قاعدة عريضة من المستخدمين لهذه التقنية الالكترونية المتطورة
المشاركة في بلورة الأفكار الاستراتيجية العامة ومتابعة ترجمتها لبرامج تخدم القطاع المصرفي وذلك تمشياً مع برنامج الاستراتيجية القومية الشاملة وبرنامج آفاق التقنية الذى يتبناه البنك المركزى. ايضا تحقيق شعار الإتحاد الذي رفعه منذ عام 2004 م وهو الانطلاق نحو آفاق التقنية المصرفية وذلك بحشد الطاقات والإمكانات.
خلق وتوثيق الصلات بين الاتحاد والاتحادات الأخرى وسائر الهيئات الحكومية وغير الحكومية التي تعني بالنشاط المصرفي والمالي في السودان وخارجه بما يؤدى إلى تبادل الخبرات والمعرفة المصرفية وتطوير وترقية الأداء. المشاركة في التجمعات والجمعيات التي تخدم أغراضه داخل وخارج السودان.